По мне так данная фраза может иметь двоякое значение, лучше понимать её в контексте или по интонации.
Если применять прямое значение, то она означает полное согласие с собеседником, утвердительный ответ на вопрос. например:
-Сегодня будет праздничный ужин, ты придёшь?
-Ну да, конечно. (можно продолжить\заменить на "обязательно приду")
Если применять его в другом значении, данная фраза может прозвучать, как сомнение в словах собеседника, восприятие слов как сарказм.
-Он поступит правильно.
-Ну да, конечно (можно продолжить\заменить на "Сомневаюсь, что это случиться")