Все зависит от того, насколько серьезен вопрос, который Вы хотите решить, и какой он тематики.
Если работодатель нарушает ТК РФ, можно пожаловаться в Рострудинспекцию или сразу в суд (хотя по тому же ТК РФ сначала желательно обратиться в комиссию по трудовым спорам предприятия, может быть, вопрос будет решен "без выноса сора из избы").
Вопрос может находиться в компетенции Роспотребнадзора, Росприроднадзора, Ростехнадзора, Роспожнадзора - в таком случае результативнее будет обратиться именно в тот государственный орган, который Ваш вопрос курирует.
Если работодатель Вам сильно насолил, можно обратиться одновременно во все органы - как известно, не ошибается тот, кто ничего не делает, поэтому при желании нарушений можно найти предостаточно, все инспектирующие органы проверят, правы ли Вы и, в если информация подтвердится, наложат на работодателя, а может и на юридическое лицо, немалый штраф.
С удовольствием поможет вам в решении неразрешимых на взаимовыгодных с работодателем условиях вопросов и прокуратура.
Другое дело - прежде чем действовать, следует подумать - а стоит ли?