Учёного-ядерщика действительно звали Георгий Николаевич Флёров, с буквой Ё в фамилии. Здесь спору нет. Химические элементы нередко называются в честь учёных. Но «изюминка» состоит в том, что за основу наименования того или иного химического элемента могут взять написание фамилии учёного в одном определённом языке. Например, в английском. Так и произошло в этом случае. Дело в том, что Георгий Николаевич Флёров писал публикации и прочие научные работы в том числе и на английском языке, на английском языке они и публиковались. И в большинстве своих работ Георгий Николаевич писал свою фамилию как Flerov. От написания Flerov и произошло английское название flerovium. Соответственно, и по-русски наименование данного элемента было передано как флеровий. Говорят, что вариант Flerov более удобочитаем, он легче воспринимается, хотя с этим можно и поспорить.
Вопрос, конечно, интересный. Он заставляет задуматься. По правилам русского языка буква Ё на письме часто заменяется буквой Е. И если в одном документе у человека написано «Семёнов», а в другом — «Семенов», то это вполне может вызвать большие проблемы: например, человек может не получить наследство, лишиться квартиры и так далее. Хорошо бы было принять закон об обязательном употреблении буквы Ё. Но такого правила/закона до сих пор не существует (был указ Сталина в 1942–1953 гг. обязательно употреблять в печати букву Ё, да сплыл). Наверное, нам всем нужно просто смириться с тем, что русские фамилии Артёмов, Карасёв и так далее обычно транслитерируются на английский как Artyomov, Karasyov, но могут передаваться и как Artemov, Karasev — в том случае, если носитель фамилии на этом настаивает. Также существуют пары и даже тройки различных, но похожих русских фамилий: Фомичов, Фомичёв и Фомичев; Чернышов, Чернышёв и Чернышев и т. п. Об этом факте тоже не следует забывать при транслитерации.