Номинально главный герой «Капитанской дочки» безусловно Гринёв.
Однако, повесть якобы задумана, как повесть о Пугачёве и пугачевском бунте. С точки зрения государства и государственной политики и цензуры такая повесть была невозможна тогда и в то время, потому что указов Екатерины о запрете на имя Пугачева никто не отменял.
А о молодом служилом дворянине, наученном беречь «честь с молоду», попавшем в затруднительные жизненные обстоятельства, вызванные пугачевским бунтом, повесть, написанная во вполне романтическом стиле рыцарских романов, легко прошла цензуру, легко опубликована.
А то, что в нее вложен, как в матрёшку, отлично выписанный образ харизматичного злодея, нелишенного своеобразного благородства, по которому мы до сей поры представляем Емельку Пугачева - это уже заслуга таланта автора.
Версия вполне логична, вполне правдоподобна и жизнеспособна.
Я же думаю, что задумка была проста: написать остросюжетную беллетристику на эпохальную тему, участники которой ещё живы. И не более. А вышло то, что вышло. И совсем не стоит воспринимать «Капитанскую дочку», как исторический документ. Это всего лишь беллетристика, только очень талантливая. А фрондерство Пушкина - не более, чем поздние придумки советских пушкинистов в попытке вписать Пушкина «в наше все».
Сама постановка вопроса в школьных учебниках «чего хотел сказать автор», на мой взгляд, ущербна: чего хотел, то и сказал! А цензура и «претеснения» делают произведения только богаче и актуальнее для бо́льшего количества поколений. Например, звёзды советской кинематографии стали снимать низкопробные паскудные пасквили, когда у них отобрали главного вдохновителя - цензуру.