Я думаю это связанно с климатическими изменениями происходящими в это время года.
Лето и зима - это времена года с устойчивым климатом с относительно ровной температурой будь то тепло или холод, тогда как весна и осень - это времена года перестройки, перехода, с неустойчивым климатом, где температура постепенно меняется. Если с холода в тепло переходить организму приятней, то с тепла в холод является более болезненным для тела и организма. Еще добавить к этому обилие воздушных масс, осенью особенно пасмурно из-за обилия осадков, начинается дефицит витамина D из-за отсутствия солнечного света и ультрафиолета, и тут как раз очень сказывается его отсутствие на настроение и эмоции, появляется хандра и депрессия. Длина светового дня приводит к тому, что внутренний режим человека перестраивается. Включается "спящий режим" или "энергосберегающий" режим организма, которому становится все труднее работать физически, и хочется больше отдыхать и спать. Вставать и работать когда темно вредно для здоровья, поскольку именно в это "ночное" время вырабатывается гормон мелатонин, отвечающий за работу сердца и др. органов, настраивающий их ритм под сон или отдых.
У любого человека перемена климата вызывает недомогание, для кого-то менее выражено, для других более сильно. Тут как раз и сказывается то, как вы его подготовили. Конечно, наличие витаминов это плюс, и организм сможет восстанавливать свои силы быстрее, но это не значит, что атмосферные изменения пройдут для вас при этом совсем незаметно.
Лично по себе скажу, что даже небольшое изменения погоды я переношу не просто. Я чувствую телом если начало холодать/теплеть сразу, начинают болеть мышцы, голова. Если тучи, то сразу чувствую давление. Без солнца жить особенно тяжело, и поэтому жители северных регионов не живут, а выживают в это время.