Прежде чем разбирать по составу слово стой, определим его форму, так как почти всегда набор минимальных значимых частей в его составе напрямую связан с этим.
Стоять - что делай? стой.
Это глагол в форме повелительного наклонения единственного числа, а форма множественного числа образуется с помощью флексии -те:
стой - стойте, рисуй - рисуйте.
В форме единственного числа глагола "стой" имеется нулевое окончание, как и в словах:
режь_, отвесь_, намажь_.
Также в его составе укажем нулевой формообразующий суффикс. Для сравнения укажем суффикс -и- в формах повелительного наклонения:
клад-и, сотвор-и, убер-и.
Корнем является морфема стой-, которая зримо присутствует в родственных словах:
стойка, застой, неустойка.
В итоге соберем все морфемы этого слова в схему:
стой-О-_ - корень/суффикс/окончание.