Действенность вакцинации была впервые обнаружена народной медициной. С древних времён в Индии и Китае практиковалась инокуляция — прививание жидкостью из пузырьков больных лёгкой формой оспы. Недостатком инокуляции являлось то, что несмотря на меньшую патогенность вируса Variola minor, он всё же иногда вызывал летальные случаи. Кроме того, случалось, что по ошибке инокулировался высоко патогенный вирус.
В Англии существовала примета, что доярки, переболевшие коровьей оспой (которая является неопасным заболеванием) , никогда не заболевают натуральной оспой (которая в своё время была бичом человечества, вызывая массовые смертоносные эпидемии) .
Английский аптекарь и хирург Эдуард Дженнер решил проверить эту примету строгими наблюдениями, и она подтвердилась. Установив это, 14 мая 1796 г. Дженнер привил коровью оспу 8-летнему Джеймсу Фипсу, а через полтора месяца — человеческую оспу — и мальчик не заболел. Так была экспериментально доказана возможность относительно безопасных профилактических прививок.
Однако, в то время возможности этого метода были ограничены, так как он был основан на случайности, заключающейся в существовании в природе двух родственных болезней разной силы. Лишь сто лет спустя французскому микробиологу Луи Пастеру удалось целенаправленно ослабить болезнетворность возбудителей других заболеваний и приготовить из них препараты для прививок. В 1881 он создал прививку против сибирской язвы, а в 1885 — против бешенства.
Именно Пастер предложил называть такие препараты вакцинами, а процедуру их применения — вакцинацией (от латинского "вакка", что означает "корова")