Смотря что за приложения и что за файлы.
Например, если перекинуть книги из папки читалки в папку на дополнительной карте, то читалка сможет их найти и можно будет читать без проблем. Точно так же с фотографиями и программами, которые их обрабатывают, с музыкой и фильмами...
А вот если взять игру, установленную на телефон, и перенести её файлы в другую папку, то она не сможет их найти. И, в некоторых случаях, просто создаст заново - например, многие онлайн-игры так делают, при нехватке файлов они скачают их заново.
Если телефон на Андроиде, то некоторые приложения можно перенести, изменив их расположение через настройки. Открываете список приложений, выбираете нужное, выбираете параметр "память" - изменить - поставить галочку на карте памяти. Но это работает не для всех приложений и не на всех версиях Андроида