Во-первых, всегда нужно разбираться терминологией. И помнить, что неверующий и атеист, например, - это разные вещи. Поздравление с Пасхой и "Христос Воскресе" - это тоже очень часто разные вещи. То есть, нужно сперва убедиться, что Вы - именно неверующий и что Вас именно поздравили лично.
Когда православный человек говорит "Христос Воскрес" - это, в общем-то, не поздравление, а своеобразный позывной, с которым обращаются не везде, где попало. И не к к кому попало. Потому что всем хочется услышать соответственный ответ "Воистину воскрес", но не какую-то постороннюю ироническю фразу.
Итак, если Вы - не атеист (то есть, не приверженец соответствующего учения), а просто неверующий, но Вас всё равно лично поздравили с праздником: сказали "Поздравляю Вас с праздником Воскресения Христова", то Вы по этикету должны сказать спасибо. После чего, если хотите, можно добавить: "Хотя я и не праздную Пасху, к сожалению".
Допустим, Вы и не сожалеете. Но это - к сожалению Вашего собеседника, который хотел сделать Вам приятное.
А "Христос Воскресе" (если это, например, прозвучит) - это дополнение к поздравлению (хотя и достаточно обязательное у православных), на которое можно и не отвечать, если не очень хочется.